La ventaja analítica de la citometría de flujo tiene como base la habilidad de hacer mediciones cuantitativas y multiparamétricas en un número estadísticamente adecuado de células para definir las propiedades de una población celular o de las subpoblaciones que la componen. Para llevar a cabo todo esto, los equipos necesitan un sistema combinado de flujo, óptica y electrónica. El sistema de fluido introduce y restringe a las células para su análisis individual, el sistema óptico excita la muestra y colecta las señales de luz provenientes de la misma y el sistema electrónico convierte la señal óptica en una señal electrónica y la digitaliza para el análisis en el ordenador. Actualmente, la mayoría de las preguntas en el campo de la biología celular se enfocan en saber qué es lo que sucede con las células integrantes de un sistema, como son las interacciones dentro del mismo y sobre todo, cuales son las propiedades individuales de cada una. Estas preguntas han llevado a la necesidad de aislar y/o purificar subpoblaciones y subcomponentes celulares, generalmente para enriquecer poblaciones o para eliminarlas. Por ello, la separación de células individuales se refiere principalmente a la citometría de flujo, que enriquecida con el “cell sorting”, es la mejor técnica para proveer información en cuanto al análisis y separación de poblaciones celulares. La separación celular por citometría de flujo o “cell sorting” es el proceso de separación física de poblaciones celulares que se diferencian en uno o varios parámetros que son analizables por citometría de flujo. La separación por “cell sorting” actualmente se basa en la separación de gotas cargadas eléctricamente.